Hepimizin de izlediğimiz üzere, dünyada her alanda teknolojide gelişmeler hız kesmiyor. Hergün yeni bir buluş gerçekleşiyor.

Tıbbi alanda da aynı durum söz konusudur.

Tıbbın değişik alanlarında, hızlı ve baş döndürücü gelişmeler gözlenmektedir.

Laboratuvar alanındaki teknolojik gelişmelerin, tıbbi alandaki yeniliklerin başını çekmekte olduğunu rahatlıkla söyleyebiliriz.

Moleküler Mikrobiyoloji alanındaki gelişmeler ise, laboratuvar alanındaki gelişmelerin öncüsü durumundadır.

 

Moleküler Mikrobiyoloji Alanındaki Gelişmeler

1980’lerden itibaren, PCR (Polymerase- Chain Reaction) isimli bir yöntem tanıda kullanılmaya başlanmıştır. PCR yönteminin esası, bakteri ve virüs gibi mikropların, DNA ve RNA denilen en önemli parçalarının saptanması esasına dayanmaktaydı. Mikrobun sayısı az bile olsa, PCR yöntemiyle bu sayı milyonlarca kopyeye çoğaltılarak, ölçülebilecek sınırlara yükseltilmekte ve böylece, bir hastalıkta aranan mikrobun bulunup bulunmadığı ortaya konulabilmekteydi.

Bu buluş, tıpta devrim niteliğinde bir sürecin başlangıcıydı.

Daha sonraki yıllarda, Real-Time PCR, yani gerçek zamanlı PCR yöntemi geliştirildi. Böylece, aranan mikrobun sayısı da saptanabiliyordu.

Son yıllarda ise, Multipleks Real-Time PCR yöntemi geliştirildi. Bu yöntemle, tek bir moleküler çalışmada birden fazla bakteri, virüs, mantar, parazit gibi değişik mikroplar ortaya konulabilmektedir. Tek bir Multipleks PCR çalışmasında, 25- 30 farklı mikrop saatler içinde tanınabilmektedir.

Kantitatif Multipleks Real-Time PCR ile, bu mikropların sayıları da ortaya konulabilmektedir.

PCR YÖNTEMİ İLE KÜLTÜR YÖNTEMİNİN FARKLILIKLARI

Kültür Yöntemi

Kültür yöntemi, neredeyse 100 yılı aşkın süreden beri kullanılan bir yöntemdir. Hazırlanan uygun besiyerlerinde, mikropların üretilerek çoğaltılmasına ve tanınır hale getirilerek adının konulmasına dayanan bir yöntemdir.

Halen, günlük pratikte yaygın olarak kullanılan bit yöntemdir. Boğaz, balgam, kan, yara, idrar, dışkı kültürleri gibi.

Sıradan bakterilerin tanınmasında oldukça etkin ve yararlı bir yöntemdir.

Aynı zamanda da, birçok yerde altyapısı kurulabilecek ekonomik bir yöntemdir.

Kültür yönteminin dezavantajları ise şunlardır:

• Üreme süresi basit mikroplar için 1-2 gündür. Ancak bazı mikroplarda, bu süre 30-45 güne kadar çıkabilmektedir.
• Virüslerin kültürü teorik olarak mümkündür. Ancak oldukça zor ve zahmetlidir. Bu nedenle de, pratikte kullanılan bir yöntem değildir. Yani, virüslerin kültürü pratikte yapılamamaktadır.
• Bazı hücre içi yerleşen bakterilerin, kültür ile ortaya konulması oldukça zordur. Bu tür bakteriler, daha çok solunum yolu, idrar yolları, genital bölge, cinsel yolla bulaşan hastalıklar gibi infeksiyonlarda rol almaktadırlar.
• Bakteriyel infeksiyonlarda önemli bir yer tutan, anaerob (oksijensiz) ortamda üreyen bakteriler, rutin kültürlerde üretilememektedir. Bunlar için, özel anaerob kültür ortamları gereklidir ki, bu tür ortamlar da pratikte sağlanamamaktadır. Anaerob bakteri grupları da, bu nedenle, var oldukları halde yokmuş gibi görünmektedir. Önemli bir bakteri grubu, tanıda gözden kaçırılmış olmaktadır.
• Kültürler, antibiyotik kullanımından etkilenmektedir. Bu nedenle, kültür yapılmadan önce, en az 7 gün antibiyotik alınmaması istenilmektedir. Antibiyotik kullanımı sırasında kültür alındığı takdirde, mikrop var olduğu halde, yokmuş gibi sonuç vermektedir.

Bu durum, yalancı negatiflik şeklinde yanıltıcı sonuca neden olmaktadır.

PCR (Moleküler) Yönteminin Avantajları

• Kültür gibi günler içinde değil, çok daha kısa sürede, saatler içinde sonuç alınmaktadır.
• Kültürde bakteri için ayrı, parazit için ayrı, mantar için ayrı, virüsler için ayrı, anaerob bakteriler için ayrı olmak üzere, ayrı ayrı kültürler ve besiyerleri kullanmak gerekmektedir. Bunlar emek, zaman ve maliyet israfıdır.

Moleküler (PCR) yönteminde ise, bakteri, virüs, parazit, mantar gibi birbirinden farklı yapıda değişik mikrop türleri, tek bir çalışmada ortaya konulabilmektedir.

• Kültürlerde, mikropların sayılarını ortaya koyabilmek kolay değildir.

Moleküler (PCR) çalışmasında ise, mikrobun sayısını belirlemek çok daha kolaydır.

• Antibiyotik kullanımı, kültür sonucunu etkilemektedir. PCR yöntemi ise, antibiyotik kullanımından etkilenmemektedir. Yani, antibiyotik kullanırken de, PCR için örnek alınması ve çalışma yapılması mümkündür.
• Moleküler yöntem, virüslerin tanısında çok başarılıdır. Virüsler, birçok infeksiyonda rol almaktadırlar.
• Klamidya, Mikoplazma, Legionella, Bordetella, Ureaplasma, Gardnerella, Brusella, Neisseria, Gonorrhoea, Trikomonas, Kandida gibi, kültürlerde üremeyen ya da zor üreyen mikroorganizmaların tanısında, moleküler yöntem oldukça başarılıdır. Bu mikroorganizmalar, bronşit ve pnömoni (zatürre) gibi solunum yolları, genital infeksiyonlar ve cinsel yolla bulaşan infeksiyonlar gibi önemli infeksiyon gruplarında rol almaktadırlar.
• Moleküler yöntem, normal kültürlerde üremeyen anaerob (oksijensiz) bakterilerin tanısında oldukça başarılıdır. Bu grup da, birçok infeksiyonda yer almaktadır.
• PCR yöntemi, Tüberküloz (verem) basili gibi, kültürde 20-45 gün gibi oldukça geç sürede üreyen mikobakterilerin tanısında, çok kısa sürede sonuç vermesiyle değerlidir.

Moleküler (PCR) Yönteminin Dezavantajları

“Her güzelin bir kusuru vardır” denir.

Tüm bu avantajları yanında, moleküler yöntemin de bazı dezavantajları bulunmaktadır.

Bunların başlıcaları:

• Kültüre göre daha maliyetli bir yöntemdir.
• Her yerde çalışılmaz. Donanımlı Moleküler (PCR) Laboratuvarı gerektirir. Daha fazla yatırım ve cihaz donanımı gerektirir.
• Aynı zamanda, özel eğitimli personel gerektirir.

Türkiye’de Durum Nedir?

Moleküler (PCR) yöntemi, tüm dünyada yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir.

Türkiye’de yeterince yaygın kullanılamamasının baş nedeni, özellikle SGK’nın bu yönden oldukça geri kalması ve iyi yönetilememesidir.

SGK’nın, Sağlık Uygulama Tebliği (SUT) adı verilen, Laboratuvar Testleri Listesi bölümü, 2006 yılından beri, yani 14 yıldır hemen hemen hiçbir güncelleme görmemiş ve yenilenmemiştir. Testler güncellenip yenilenmediği gibi, fiyatlar da TL bazında 14 yıl öncesinin aynıdır. Halbuki bu sürede Dolar ve Euro, 5 kat civarında artış göstermiş durumdadır.

Moleküler testler SGK-SUT listesine girmediği için de, Türk halkı bunlardan yeterince yararlanamamaktadır.

Testler de yeterince yaygınlaşamamaktadır.

Bu konuda, yalnızca SGK değil, Sağlık Bakanlığı da yeterince iyi yönetilememiş ve etkin olamamıştır.

Moleküler Testler Nerelerde Çalışılıyor?

Özellikle İstanbul merkezli büyük özel laboratuvarlar, bu tür test panellerinin çalışıldığı merkezlerdir. Gelişim Tıp Laboratuvarlarında, 100’den fazla değişik nitelikte çeşitli moleküler test ve geniş test panelleri çalışılmaktadır.

En Fazla İstenilen Moleküler Test Panelleri Hangileridir?

• Solunum Multipleks PCR Test Paneli

Üst solunum yolu infeksiyonu, bronşit, zatürre gibi, infeksiyona neden olan 22’den fazla virüs ve bakteriyi saptar. Bunlar içinde, Domuz Gribi virüsü de bulunmaktadır.

• SepsiTest

Kan ve diğer vücut bölümlerinde ölümcül infeksiyonlar yapan, 600’den fazla bakteri, mantar ve paraziti saptamaktadır.

• Menenjit/ Sepsis Multipleks PCR Paneli

Ağır ve ölümcül infeksiyonlara neden olan, menenjit ve sepsis gibi tabloların nedeni, 23 bakteri ve virüsün tanınmasını sağlar.

• Gastrointestinal İnfeksiyon Paneli

Barsak infeksiyonlarına, ishal gibi durumlara neden olan 18 bakteri, virüs ve paraziti saptar.

• Androflor Cinsel Bulaş Paneli

Erkeklerde cinsel yolla bulaşan infeksiyonlara neden olan, 20 civarında bakteri, mantar ve parazitin tanısını sağlar.

• Femoflor Cinsel Bulaş Paneli

Kadınlarda cinsel yolla bulaşan infeksiyonlara neden olan, 14 civarında bakteri, virüs, mantar ve parazitin tanısını sağlamaktadır.

• Androflor ve Femoflor Mikrobiyota Testi

Kadınlarda ve erkeklerde, ürogenital sistem florasındaki mikrobik durumun ortaya konulmasını sağlamaktadır.

• HPV Genotiplendirme 21 Tip

HPV (Human Papilloma Virüs) isimli, toplumda yaygın olan virüsün, kadınlarda rahim ağzı kanseri, erkeklerde testis kanserine neden olan, yüksek riskli 21 tipinin belirlenmesini sağlamaktadır.

• Moleküler testlerin, yukarıda belirtilenler dışında da yüzlerce farklı uygulaması ve kullanım alanları bulunmaktadır.