Laboratuvar Test Panelleri

Multipleks PCR Nedir?

Moleküler bir yöntemdir. Moleküler yöntemle, birden fazla bakteri, virüs, fungal veya paraziter etken tek bir çalışmada ortaya konulmaktadır. Multipleks PCR yönteminin, bilinen konvansiyonel monopleks PCR’ a üstünlüğü, çok sayıda etkenin tek bir çalışmada ortaya konulabilmesidir

Multipleks PCR’ ın Tanıya Diğer Katkıları Nelerdir?

1) Hızlıdır
PCR teknolojisinin hız avantajına sahiptir. Kısa sürede ve saatler içinde patojen etken tespiti yapılabilir. Kültür de olduğu gibi, üreme için günler boyu beklenmez.
2) Duyarlıdır
Etkenin DNA’ sı veya RNA’ sı arandığı için, çok az sayıda etken varlığında bile patojen etken tespiti yapılabilir. Bu nedenle duyarlılığı yüksektir.
3) Antibiyotiklerden Etkilenmez
Etkenin DNA’ sı saptandığı için, bakterilerin antibiyotiklerden etkilenmesi ve kültürde ürememesi durumu söz konusu değildir. Bu nedenle, kültür yöntemlerine göre daha yüksek, yaklaşık iki kat daha fazla oranda etken tespiti yapılabilir. Bu sayede de hem hastalığın var olup olmadığı, hem de tedavinin takibinde rahatlıkla kullanılabilir.
4) Çok Sayıda Patojen Tek Çalışmada Saptanır
Multipleks PCR yöntemi, tanıda oldukça ileri bir aşamadır. Bu sayede, tek bir moleküler çalışmada virüs ile bakteri, fungal etkenler ile paraziter etkenler birlikte aranabilmektedir. Ve yüksek duyarlılıkla da kısa sürede tanı konulabilmektedir.

Laboratuvarımızda Çalıştığımız Multipleks PCT Panellerimiz

Solunum Yolu Etkenleri Multipleks PCR Testi (22 etken) 

Bu test ile, 18 virüs ve 4 bakteri araştırılmaktadır. Virüsler, genellikle solunum yollarında en sıklıkla infeksiyon oluşturan 18 virüsten oluşmaktadır.
Bakteriler ise, genellikle kültürü oldukça zor ya da olanaksız olan atipik pnömoni etkeni olan mikroorganizmalardır.
 
Etkenler aşağıdaki gibidir:
Bakteriyel etkenler: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis
Viral etkenler: Influenza A, Influenza B, RSV-A, RSV-B, Human metapneumovirus, Rhinovirus/Enterovirus, Adenovirus, Influenza A H1N1n, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Bocavirus Type1, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Coronavirus 229E, Coronavirus OC43
Çalışma örnekleri: Nazofaringeal aspirat/lavaj, Boğaz sürüntü örnekleri, Bronkoalveolar lavaj örneği, Balgam
Çalışma süresi: 4 saat
Yöntem: Multipleks Real-Time PCR

Viral Etkenler Multipleks PCR Testi (7 Etken)

Bilindiği gibi, viral etkenlerin tanısı oldukça zordur ve viral etkenlerin kesin tanısını ortaya koyabilecek yöntemler pratikte uygulanamamaktadır. Bizim kullandığımız Viral Etkenler Multipleks PCR Testi, bu konuya önemli bir çözüm getirmektedir. Bu test ile, tanıda zorluk oluşturan 7 farklı virüsün tek bir Real-Time PCR çalışması ile tanısı yapılmaktadır.  
Tanısı yapılan virüsler: Herpes simplex virus-1 (HSV-1), Herpes simplex virus-2 (HSV-2), Varicella zoster virus (VZV), Epstein Barr virus (EBV), Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus, Parechovirus
Çalışma Materyali: BOS
Çalışma Süresi : 6 saat
Çalışma Yöntemi : Real-Time multiplex PCR

Multipleks PCR ile 17 Gastrointestinal Patojen Tanısı 

Gastrointestinal infeksiyonlar, çocuklar ve yaşlılarda daha yüksek mortaliteyle seyretmektedirler. Çoğu zaman, tanıda güçlük oluşturmaktadırlar. Erken ve aynı zamanda da doğru tanı hayat kurtarıcıdır. GastroFinder SMART 17 FAST multipleks PCR testi ile, 17 farklı gastrointestinal patojenin tek çalışmada tanısı yapılmaktadır. Böylelikle hem hedefe yönelik tedavi uygulama şansı ortaya çıkmakta, hem de gereksiz antibiyotik kullanımı ile birlikte hastaneye yatış uygulamaları da en aza indirilmiş olmaktadır. Bu test ile, tanısı yapılan GiS etkenleri şunlardır: Bakteriler: Campylobacter jejuni, Campylobacter spp., Clostridium difficile toksin A/B, Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Yersinia enterocolitica, Aeromonas spp., Shigella spp., Shiga toxin-producing E. coli (STEC)
Virüsler: Adenovirus (F40/41), Astrovirus, Rotavirus (A), Norovirus (GI, GII, GIII)
Parazitler: Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp., Dientamoeba fragilis
Materyal: Dışkı
Çalışma Süresi: 4 saat
Yöntem: Real-Time multipleks PCR
 

Cinsel Yolla Bulaşan Etkenler

Cinsel Yolla Bulaşan Etkenler Paneli

Sexually Transmitted Diseases (STD)=Cinsel yolla bulaşan hastalıklar, dünyada yaygın olarak görülmekte ve tanıda güçlük oluşturmaktadırlar. Sonuç olarak da ciddi ekonomik ve sosyal problemlere neden olmaktadırlar. Hem kadında, hem de erkekte tedavi edilmeyen olgular, kısırlık yanında genital kanserlere neden olmaktadırlar. Bu nedenle, bu hastalık etkenlerinin hem erken, hem de doğru tanılarının konulması gerekmektedir. STD-Finder SMART 7 multipleks PCR testi ile, her biri tanıda bir hayli karışık işleme rağmen tanınması güçlük oluşturan 7 etken 5 saat içinde tanınmaktadır.
Bu etkenler : Chlamydia trachomatis,
Neisseria gonorrhoeae,
Mycoplasma genitalium
Trichomonas vaginalis
Treponema pallidum
Herpes simplex virus1 (HSV-1),
Herpes simplex virus 2 (HSV-2)
 
Çalışma Materyali:İdrar, üretral akıntı veya vaginal akıntıdan sürüntüler
Çalışma Süresi: 5 saat
Çalışma Yöntemi: Real-Time multipleks PCR

Papillomavirus (HPV) Tiplerini Belirleme İçin

Multipleks PCR Testi (21 Alt Tip)

Servikal kanserler, kadınlarda en sıklıkla görülen ikinci sıradaki kanser türüdür. HPV, birincil risk faktörüdür. 150 civarında HPV tipi belirlenmiş olup, bunlardan 40 civarı anogenital infeksiyonlara neden olmaktadır. Bunlar da High Risk (Yüksek Risk) ve Low Risk (Düşük Risk) olarak, servikal kanser oluşturmalarına göre gruplanmaktadır. PapillomaFinder SMART 20 Multipleks PCR testi ile, HPV’ NİN 20 önemli tipi belirlenebilmektedir.
Bu tipler şunlardır:
Yüksek Risk Tipleri(Tek tek):16,18,31,33,35,39,45,52,56,58
Yüksek Risk Havuzu:51,59,66,68
Düşük Risk Havuzu:6,11,40,42,43,44

Çalışma Materyali:Servikal sitoloji örnekleri,Parafinli servikal örnekler
Çalışma Süresi: 6 saat
Çalışma Yöntemi: Real-Time multipleks PCR
 

MULTİPLEKS PCR TESTLERİNDE ALDIĞIMIZ İLGİNÇ SONUÇLAR

Viral Patojenler Multipleks PCR Testi:
Toplam 10 örnek gönderilmiştir. 6 (% 60) örnek pozitif bulunmuştur.
Bulunan etkenlerin 1’ i CMV, 5’ i EBV’ dir.
Bu sonuçlar da oldukça anlamlıdır.
Cinsel Temasla Bulaşan Etkenler Multipleks PCR Testi:
Toplam 86 örnek gönderilmiş, 13 örnek pozitif sonuç vermiştir.
Bulunan etkenler şunlardır:
                                       Sayı          %
Trichomonas Vaginalis         1         % 7.7
Mycoplasma genitalium        3         % 23
Chlamydia trachomatis         9        % 69.3
Üretral akıntı ve vaginal sürüntü örneklerinden patojen idantifikasyonu oldukça güçtür. Multipleks PCR ile elde edilen sonuçların anlamlı olduğu görülmektedir.
 

SOLUNUM PATOJENLERİ MULTIPLEKS PCR ÇALIŞMALARINDA ALDIĞIMIZ SONUÇLAR

Paşa Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Şafak Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları,Klinik Mikr.ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak.,İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnf. Hast.ve Kl.Mikr.Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi,Göğüs Hastalıkları Kliniği,İstanbul

Amaç: Bu çalışmanın amacı, solunum yolu infeksiyonu ön tanısıyla laboratuvarımıza gönderilen hastalarda yapılan multipleks PCR testlerinde alınan sonuçların ortaya konularak bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

Yöntem: Laboratuvarımıza, çeşitli hastanelerden 2014 yılı içinde solunum yolu infeksiyonu ön tanısıyla hastalardan alınan örnekler multipleks PCR yöntemiyle patojen araştırılması amacıyla gönderilmiştir. Hastalardan gönderilen örnekler, üreticinin önerilerine uygun olarak multipleks PCR ile çalışılmıştır. Bu amaçla, PathoFinder ( Hollanda) firmasının 18 virüs ve 4 atipik pnömoni etkeni bakteriler olmak üzere, 22 patojeni saptayan solunum yolları multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Kitin saptadığı etkenler şunlardır. (Virüsler: Influenza A, Influenza B, RSV-A, RSV-B, Human metapneumovirus, Rhinovirus/Enterovirus, Adenovirus, Influenza A H1N1, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Bocavirus Type1, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Coronavirus 229E, Coronavirus OC43; Bakteriler: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis)

Bulgular: 2014 yılı içinde gönderilen 45 hasta örneği üzerinde çalışma yapılmıştır.
17 ( % 37.7 ) hastada, 18 ( % 40) etken pozitif olarak saptanmıştır. 18 etkenin 15 (% 83.3)’i virüs ve 3 (% 16.7)’ü ise atipik pnömoni etkeni bakterilerdir. 15 virüsün 6 (% 40)’sı Influenza A, 3 ( %20)’ ü Human metapneumovirus, 3(%20)’ü Parainfluenza- 3, 1( %6.7)’i Parainfluenza-4, 2( %13.4)’ si de Adenovirüs’tur. Atipik pnömoni etkeni bakterilerden 2’si Legionella pneumophila ve 1’i de Mycoplasma pneumoniae olarak bulunmuştur. 45 hasta içindeki etkenlerin oranı Influenza A % 13.3 ( 6/45), Human metapneumovirus % 6.6 ( 3/45), Parainfluenza-3 % 6.6 (3/45), Paraınfluenza-4 % 2.2 ( 1/45), Adenovirus %4.4 (2/45), Legionella pneumophila % 4.4 (2/45) ve Mycoplasma pneumoniae da %2.2 (1/ 45) olarak bulunmuştur.

Sonuç: Mevcut multipleks PCR testi, solunum yolları etkenlerinden en sıklıkla patojen olan 22 etkeni ( 18 virüs ve 4 bakteri ) kapsamaktadır. Mevcut kapsam ile alınan % 40 pozitif sonucun, oldukça başarılı bir sonuç olduğu söylenebilecek durumdadır.
• 18 etkenden 15 (% 83.3)’inin virüs olması, virüslerin solunum yollarında beklenenden daha önemli bir yere sahip olduğunu düşündürmektedir.
• Virüslerin izolasyonu ve saptanması oldukça güçtür. Multipleks PCR ile bu etkenlerin saptanabilir hale gelmesi tıbbi tanı yöntemleri yönünden büyük kazanç sayılmalıdır. Özellikle Human metapneumovirus, Parainfluenza-3 ve Parainfluenza-4 gibi etkenlerin oranlarının belirlenmesi, tanıya bir katkı niteliğindedir.
• Legionella pneumophila ve Mycoplasma pneumoniae gibi izolasyonu oldukça zor olan atipik pnömoni etkenlerinin saptanır hale gelmesi de oldukça değerli kabul edilmelidir.
• Multipleks PCR ile, saptanması oldukça zor olan virüsler ve atipik pnömoni etkenlerinin, üstelik de 1 gün gibi kısa bir moleküler çalışma sonucunda saptanır hale gelmesinin, tanıya yeni olanaklar ve fırsatlar sağladığı görüşüne varılmıştır.
Çalışma, sayı arttıkça yeni verilerle güncellenecektir.

GASTROİNTESTİNAL PATOJENLER MULTİPLEKS PCR ÇALIŞMALARINDA ALDIĞIMIZ SONUÇLAR

Şafak Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Paşa Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları, Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak, İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi, Göğüs Hastalıkları Kliniği, İstanbul
AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, gastrointestinal infeksiyon ön tanısıyla laboratuvarımıza gönderilen dışkı örneklerinde, yapılan multipleks PCR testlerinde saptanan patojenlerin bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

Yöntem: Laboratuvarlarımıza, çeşitli hastanelerden 2014 yılı içinde gastrointestinal infeksiyon ön tanısıyla hastalardan alınan dışkı örnekleri, patojen araştırılması amacıyla gönderilmiştir. Örneklerde, multipleks PCR ile patojen araştırılmıştır. Bu amaçla, PathoFinder (Hollanda) firmasının 9 bakteri [Campylobacter jejuni, Campylobacter spp., Clostridium difficile toksin A/B, Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Yersinia enterocolitica, Aeromonas spp., Shigella spp., Shiga toxin producing E. coli (STEC) Stx ½)], 4 virüs [Adenovirus (F40/41), Astrovirus, Rotavirus (A), Norovirus (GI, GII, GIII)] ve 4 parazit [Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp., Dientamoeba fragilis)] araştıran multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Çalışmalar, üreticinin önerilerine uygun olarak yapılmıştır.

Bulgular: 2014 yılı içinde gönderilen 30 dışkı örneğinde çalışma yapılmıştır. 30 hastadan 19 (% 63.3)’ unda patojen saptanmıştır. Bunlardan 11 (% 36.7)’ inde tek patojen, 6 (% 20)’ sında iki, 1 (3.3)’ inde üç ve 1 (% 3.3)’ inde de dört patojen saptanmıştır. Tek patojen saptanan hastalarda Campylobacter spp., Salmonella spp., Clostridium difficile Toxin A/B, E. coli 0157:H7 ve Norovirus görülmüştür. 19 hastada, toplamda 29 patojen saptanmıştır. 30 hastadan 1 (% 3.3)’ inde Campylobacter spp., 2 (% 6.7)’ sinde Salmonella spp., 2 (% 6.7)’ sinde Clostridium difficile toksin A/B, 6 (%20)’ sında E. coli O157, 3 (% 10)’ ünde STEC, 12 (% 40)’ sinde Norovirus ve 3 (% 10)’ ünde de Dientamoeba fragilis saptanmıştır. 30 hastadan 5 (% 16.7)’ inde yalnızca Norovirus saptanmış, 6 olguda ise Norovirus E. coli O157:H7 ya da STEC ile, 1 olguda da Salmonella spp. ile birlikte bulunmuştur. Toplamda 12 (% 40) olguda Norovirus bulunmuştur. Dientamoeba fragilis, 3 olguda diğer etkenlerle birlikte bulunmuştur.

Sonuç: • Multipleks PCR ile patojen saptama oranı tatmin edicidir (30 hastadan 19 (% 63.3)’ unda)
• Multipleks PCR ile, diğer tanı yöntemleriyle kolaylıkla saptanamayan etkenler, kısa sürede saptanabilmektedir.
• % 40 olguda Norovirus saptanması dikkat çekicidir. Bölgesel ya da dönemsel bir Norovirus salgınından söz edilebilir.
• 11 hastada (% 36.7) tek patojen, 8 (% 26.7) hastada genelde birisi Norovirus olmak üzere birden fazla patojen saptanmıştır. Bunlardan 3 (% 10)’ ünde E. coli O157:H7 ve 3 (% 10)’ ünde de STEC, Norovirus’ a eşlik etmiştir.
• 3 hastada (% 10) Dientamoeba fragilis, diğer etkenlere eşlik etmiştir. D. fragilis’ in patojenliği tartışılabilir.
Multipleks PCR’ ın gastrointestinal patojenlerin tanısında yüksek verimlilik taşıyan, hızlı ve tekin bir tanı yöntemi olduğu, epidemiyolojik olarak da değerli veriler sunduğu, çalışma sayılarının artırılmasıyla bu verilerin daha da zenginleşeceği görüşüne varılmıştır.
İlginizi Çekecek Benzer Konular