Multipleks PCR Nedir?

Hastalıkların Tanısında Yeni Aşama:
MULTİPLEKS PCR PANELLERİ
(Çok Sayıda Etkenin Tek Bir Çalışmada Saptanması)

Multipleks PCR Nedir?

Moleküler bir yöntemdir. Moleküler yöntemle, birden fazla bakteri, virüs, fungal veya paraziter etken tek bir çalışmada ortaya konulmaktadır. Multipleks PCR yönteminin, bilinen konvansiyonel monopleks PCR’ a üstünlüğü, çok sayıda etkenin tek bir çalışmada ortaya konulabilmesidir

Multipleks PCR’ ın Tanıya Diğer Katkıları Nelerdir?

1) Hızlıdır
PCR teknolojisinin hız avantajına sahiptir. Kısa sürede ve saatler içinde patojen etken tespiti yapılabilir. Kültür de olduğu gibi, üreme için günler boyu beklenmez.
2) Duyarlıdır
Etkenin DNA’ sı veya RNA’ sı arandığı için, çok az sayıda etken varlığında bile patojen etken tespiti yapılabilir. Bu nedenle duyarlılığı yüksektir.
3) Antibiyotiklerden Etkilenmez
Etkenin DNA’ sı saptandığı için, bakterilerin antibiyotiklerden etkilenmesi ve kültürde ürememesi durumu söz konusu değildir. Bu nedenle, kültür yöntemlerine göre daha yüksek, yaklaşık iki kat daha fazla oranda etken tespiti yapılabilir. Bu sayede de hem hastalığın var olup olmadığı, hem de tedavinin takibinde rahatlıkla kullanılabilir.
4) Çok Sayıda Patojen Tek Çalışmada Saptanır
Multipleks PCR yöntemi, tanıda oldukça ileri bir aşamadır. Bu sayede, tek bir moleküler çalışmada virüs ile bakteri, fungal etkenler ile paraziter etkenler birlikte aranabilmektedir. Ve yüksek duyarlılıkla da kısa sürede tanı konulabilmektedir.

Laboratuvarımızda Çalıştığımız Multipleks PCT Panellerimiz

Solunum Yolu Etkenleri Multipleks PCR Testi (22 etken)

Bu test ile, 18 virüs ve 4 bakteri araştırılmaktadır. Virüsler, genellikle solunum yollarında en sıklıkla infeksiyon oluşturan 18 virüsten oluşmaktadır.
Bakteriler ise, genellikle kültürü oldukça zor ya da olanaksız olan atipik pnömoni etkeni olan mikroorganizmalardır.
multipleks_Test1

Etkenler aşağıdaki gibidir:
Bakteriyel etkenler: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis
Viral etkenler: Influenza A, Influenza B, RSV-A, RSV-B, Human metapneumovirus, Rhinovirus/Enterovirus, Adenovirus, Influenza A H1N1n, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Bocavirus Type1, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Coronavirus 229E, Coronavirus OC43

Çalışma örnekleri: Nazofaringeal aspirat/lavaj, Boğaz sürüntü örnekleri, Bronkoalveolar lavaj örneği, Balgam
Çalışma süresi: Hafta içi her gün, öğleden önce alınan örnekler ertesi gün akşam 18.00 da sonuçlanır.
Yöntem: Multipleks Real-Time PCR

Menenjit/Sepsis Etkenleri Multipleks PCR Testi (23 Etken)

Bilindiği gibi, viral etkenlerin tanısı oldukça zordur ve viral etkenlerin kesin tanısını ortaya koyabilecek yöntemler pratikte uygulanamamaktadır. Bizim kullandığımız Menenjit/Sepsis Etkenleri Multipleks PCR Testi, bu konuya önemli bir çözüm getirmektedir. Bu test ile, tanıda zorluk oluşturan 23 farklı etkenin tek bir Real-Time PCR çalışması ile tanısı yapılmaktadır. multipleks_Test2

Tanısı yapılan etkenler:
12  Virus (HSV-1, HSV-2, EBV, CMV, VZV, Parechovirus, Enterovirus, Mumphs, Measles, HHV-6, HHV-7, HHV-8), 7 bakteri (Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Neisseria meningitidis, Staphylococcus aureus, E.coli K1, Listeria monocytogenes), 2 spiroket ( Borrelia burgdorferi ve Borrelia miyamotoi) ile 2 fungus (Cryptococcus neoformans ve C. gattii)

Çalışma Materyali: BOS
Çalışma Süresi : Hafta içi her gün, öğleden önce alınan örnekler ertesi gün akşam 18.00 da sonuçlanır.
Çalışma Yöntemi : Real-Time multiplex PCR

Multipleks PCR ile 18 Gastrointestinal Patojen Tanısı

Gastrointestinal infeksiyonlar, çocuklar ve yaşlılarda daha yüksek mortaliteyle seyretmektedirler. Çoğu zaman, tanıda güçlük oluşturmaktadırlar. Erken ve aynı zamanda da doğru tanı hayat kurtarıcıdır. GastroFinder SMART 18 FAST multipleks PCR testi ile, 18 farklı gastrointestinal patojenin tek çalışmada tanısı yapılmaktadır. Böylelikle hem hedefe yönelik tedavi uygulama şansı ortaya çıkmakta, hem de gereksiz antibiyotik kullanımı ile birlikte hastaneye yatış uygulamaları da en aza indirilmiş olmaktadır. Bu test ile, tanısı yapılan GiS etkenleri şunlardır: 
Bakteriler: Campylobacter spp., Clostridium difficile Tox. A ve B, Salmonella spp., Shiga toxin producing E. coli (STEC), Enteropathogenic E. coli (EPEC), Enterotoxigenic E. coli (ETEC), Shigella / Enteroinvasive E. coli (EIEC), Yersinia enterocolitica
Virüsler:  Adenovirus, Astrovirus, Rotavirus, Norovirus, Sapovirus
Parazitler:E.histolitica, G.lamblia, Cryptosporidium spp. ve Dientamoeba fragilis

Materyal: Dışkı
Çalışma Süresi: Hafta içi her gün öğleden önce alınan örnekler ertesi gün akşam 18.00 da sonuçlanır.
Yöntem: Real-Time multipleks PCR

multipleks_Test3

Cinsel Yolla Bulaşan Etkenler

Multipleks PCR Testi (14 etken)

Sexually Transmitted Diseases (STD)=Cinsel yolla bulaşan hastalıklar, dünyada yaygın olarak görülmekte ve tanıda güçlük oluşturmaktadırlar. Sonuç olarak da ciddi ekonomik ve sosyal problemlere neden olmaktadırlar. Hem kadında, hem de erkekte tedavi edilmeyen olgular, kısırlık yanında genital kanserlere neden olmaktadırlar. Bu nedenle, bu hastalık etkenlerinin hem erken, hem de doğru tanılarının konulması gerekmektedir. STD-Finder SMART 14 multipleks PCR testi ile, her biri tanıda bir hayli karışık işleme rağmen tanınması güçlük oluşturan 14 etken kısa bir süre içinde tanınmaktadır.

Bu etkenler :
Lactobacillus spp.
Prevotellabivia / Porphyromonas spp.
Gardnerellavaginasil
Mycoplasma hominis
Mycoplasma genitalium
Ureaplasma Urealyticum
Ureaplasma parvum
Candida spp.
Trichomonas vaginalis
Neisseria gonorrhoea
Chlamydia trachomatis
Herpes simplex virus1 (HSV-1)
Herpes simplex virus 2 (HSV-2)
Cytomegalovirus 

multipleks_Test4
Çalışma Materyali:İdrar, üretral akıntı veya vaginal akıntıdan sürüntüler
Çalışma Süresi: Hafta içi her gün, öğleden önce alınan örnekler ertesi gün akşam 18.00 da sonuçlanır.
Çalışma Yöntemi: Real-Time multipleks PCR

Papillomavirus (HPV) Tiplerini Belirleme İçin

HPV Genotiplendirme Multipleks PCR Testi (21 Alt Tip)

Servikal kanserler, kadınlarda en sıklıkla görülen ikinci sıradaki kanser türüdür. HPV, birincil risk faktörüdür. 150 civarında HPV tipi belirlenmiş olup, bunlardan 40 civarı anogenital infeksiyonlara neden olmaktadır. Bunlar da High Risk (Yüksek Risk) ve Low Risk (Düşük Risk) olarak, servikal kanser oluşturmalarına göre gruplanmaktadır. PapillomaFinder SMART 21 Multipleks PCR testi ile, HPV’ NİN 21 önemli tipi belirlenebilmektedir.

Bu tipler şunlardır:
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-31 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-35 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-16 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-52 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-33 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-68 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-45 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-82 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-51 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-6  (Düşük Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-44 (Düşük Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-11 (Düşük Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-18 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-39 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-58 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-66 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-26 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-53 (Yüksek Risk) 
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-59 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-56 (Yüksek Risk)
Human Papilloma Virus (HPV) Tip-73 (Yüksek Risk)

Çalışma Materyali:Servikal sitoloji örnekleri,Parafinli servikal örnekler
Çalışma Süresi: Hafta içi her gün, öğleden önce alınan örnekler ertesi gün akşam 18.00 da sonuçlanır.
Çalışma Yöntemi: Real-Time multipleks PCR

multipleks_Test5

MULTİPLEKS PCR TESTLERİNDE ALDIĞIMIZ İLGİNÇ SONUÇLAR

REAL-TİME MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİ KULLANARAK, 23 MENENJİT ETKENİ İLE İLGİLİ ALDIĞIMIZ SONUÇLAR

AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, Real-Time Multipleks PCR yöntemi ile, 23 farklı menenjit etkeni konusunda aldığımız sonuçların bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

YÖNTEM: Çalışma, 2016 yılının Nisan-Ağustos arasındaki 5 aylık kısa bir süreyi kapsamaktadır. Bunun da nedeni, kullanılan kitin 22 menenjit etkeni konusunda 2016 Mart’ta CE-IVD onayı almış olmasıdır. Nisan- Ağustos ayları arasında, çeşitli kuruluşlardan menenjit etkenlerinin multipleks PCR yöntemiyle belirlenmesi amacıyla gönderilen 66 hastanın BOS örnekleri değerlendirmeye alınmıştır. Örnekler, PathoFinder (Hollanda) firmasının ürettiği MeningoFinder isimli Real-Time Multipleks PCR kiti kullanılarak çalışılmıştır. Cihaz olarak, Qiagen Rotorgene R-T PCR cihazı kullanılmıştır. Araştırmada 12 virüs (HSV-1, HSV-2, EBV, CMV, VZV, Parechovirus, Enterovirus, Mumphs, Measles, HHV-6, HHV-7, HHV-8), 7 bakteri (Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Neisseria meningitidis, Staphylococcus aureus, E.coli K1, Listeria monocytogenes), 2 spiroket ( Borrelia burgdorferi ve Borrelia miyamotoi) ile Cryptococcus neoformans ve C. gattii olmak üzere, toplamda 23 etken araştırılmıştır.

BULGULAR: 2016 Nisan-Ağustos ayları arasında, multipleks PCR ile BOS’ta menenjit etyolojisi belirlenmesi istemiyle 66 hastanın BOS örneği gönderilmiştir. 66 hasta örneğinden 19 (%28.8)’unda pozitif, 47 (%71.2) örnekte negatif sonuç alınmıştır. 19 pozitif örneğin 13 (%68.4)’ünü viral, 5 (%26.3)’ini bakteriyel ve 1 (%5.3)’ini de fungal etkenler oluşturmaktadır. 19 pozitif etken içinde 1 (%5.3) HSV-1, 2 (%10.5) Parechovirus, 3 (%15.8) EBV, 4 (%21) HHV-6, 3 (%15.8) CMV saptanmıştır. Ayrıca 2 (%10.5) örnekte Haemophilus influenzae, 2 (%10.5) örnekte Streptococcus pneumoniae, 1 (%5.3) örnekte Streptococcus agalactiae ve 1 (%5.3) örnekte de Cryptococcus neoformans saptanmıştır. Diğer etkenlerden pozitif bulunan olmamıştır.

SONUÇ: Olgu sayısı henüz sınırlı olmakla birlikte, ilk veriler meningoansefalitlerin etiyolojisi konusunda kullanılan Real- Time Multipleks PCR kitinin oldukça verimli olduğunu göstermektedir.

  • Virüsler, bakteriler, borrelia ve kriptokokun tek bir kitle taranabilmesi iyi bir kombinasyon oluşturmaktadır.
  • Tanıda saptama zorluğu bulunan virüslerin ağırlığı dikkat çekicidir. 13 viral etkenden 4’ünün HHV-6, 2’sinin Parechovirus olması ilginçtir. 3 hastada EBV, 3 hastada CMV ve 1 hastada da HSV-1 saptanmıştır.
  • Bakterilerden majör etkenler olan Haemophilus influenzae 2 hastada, Streptococcus pneumoniae 2, Streptococcus agalactiae 1 hastada saptanmıştır. Neisseria meningitidis saptanmamıştır.
  • 1 hastada Cryptococcus neoformans saptanmıştır.
  • Tek çalışmayla 23 etkenin 1 günde sonuçlandırılabilmesi, meningoansefalit tanısında değerlidir.
  • Aynı testin, sepsis tanısında da kan örneklerinden çalışılabildiğini gözlemlemiş durumdayız.
  • Aldığımız sonuçların, olgu sayısı arttıkça, daha objektif ve sağlıklı veriler temeline oturacağı sonucuna varmış bulunmaktayız.

 

MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE, 2016 YAZ AYLARINDA SAPTANAN BOCAVİRUS SALGINININ İRDELENMESİ

AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, laboratuvarlarımızda 2016 yaz aylarında saptanan Bocavirus Tip-1 salgını verilerinin bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Gelişim Tıp Laboratuvarlarına, çeşitli kuruluşlardan 2016 yılı başından Ağustos ayı sonuna kadar geçen 8 aylık sürede 775 hastanın solunum yolu materyali, multipleks PCR yöntemiyle patojen etken saptanması amacıyla gönderilmiştir. Örnekler, aynı gün çalışmaya alınarak, ertesi günü sonuç verilmiştir. Çalışmalarda, PathoFinder (Hollanda) firmasınca üretilen CE onaylı RespiFinder 2 Smart Real-Time multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Cihaz olarak Rotorgene R-T PCR cihazı kullanılmıştır. Kit, 18 virus ve 4 bakteriyi saptamaktadır. Virusler Influenza A, Influenza B, H1N1, RSV-A, RSV-B, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Coronavirus OC43,  Coronavirus 229E,  Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Rhino/ Enterovirus, Adenovirus, HMPV, Bocavirus Tip-1 şeklindedir. Bakteriler ise Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila ve Bordetella pertussis şeklindedir.

BULGULAR: 2016’nın ilk 8 ayı içinde, laboratuvarlarımıza gönderilen 775 hasta örneğinden 335 (%43.2)’inde negatif sonuç alınmış, 440 (%56.8)’ında ise yukarıda belirtilen etkenlerden en az birisi pozitif olarak bulunmuştur. Etkenler içinde, Bocavirus Tip-1’in seyri dikkat çekici bulunmuştur. 2014 ve 2015 yıllarında Bocavirus oranı örnekler içinde hiç %10 üzerine çıkmaz iken, 2016 yazında ciddi bir yükseliş görülmüştür. 2016 Ocak ayında 309 olgudan 5 (%1.6)’inde, Şubat ayında 148 olgudan 0 olguda, Mart ayında 73 hastadan 7 (%9.5)’sinde, Nisan ayında 53 hastadan 1 (%1.9)’inde Bocavirus saptanmıştır. Mayıs ayında ise oran birden yükselmiş, 51 hastanın 17 (%33)’sinde Bocavirus saptanmıştır. 2016 Haziran ayında oran %68 (56 hastanın 38’i) ve Temmuz ayında %65 (43 hastanın 28’i) olarak gerçekleşmiştir. Ağustos ayında ise oran %7.2’ye düşmüştür (42 hastanın 3’ünde).

SONUÇ: 2014 ve 2015 yıllarındaki seyir ile kıyasladığımızda, 2016 Mayıs, Haziran ve Temmuz aylarını kapsayan bir Bocavirus Tip-1 infeksiyonu salgını ile karşı karşıya olduğumuzu görmekteyiz. Bocavirus infeksiyonu, 2005 yılından itibaren bilinmektedir. Pnömoni, bronşit, bronşiolit yapmaktadır. 1)Literatürde alt SYE içindeki oranı %1.5-%5.7 arasında bildirilmiştir. Bizim bulgularımızda ise oran %68’e kadar yükselmiştir. 2) Literatürde, soğuk aylarda görüldüğü bildirilmektedir. Bizim olgularımız ise yaz aylarındadır. 3) Literatürde, infeksiyonun genelde 5 yaş altı çocuklarda görüldüğü bildirilmektedir. Bizim olgularımızın ise %51 (51/99)’i 10 yaş altında, % 21 (21/99)’i 10-30 yaş arasında, %7 (7/99)’si 30-50 yaşa arasında, %20.2 (20/99)’si de 50 yaşın üzerindedir.

Bulgularımızın, az bilinen bu infeksiyon hakkında literatüre katkı yapacak nitelikte olduğu sonucuna varılmıştır.

 

H1N1 (DOMUZ GRİBİ) OLGULARININ 2015 ve 2016 YILI SEYİRLERİNİN İRDELENMESİ

AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, H1N1 vakalarının 2015 ve 2016 yıllarındaki görülme dönemlerini ortaya koyarak, alınacak tedbirlerle ilgili veriler sunulmasını sağlamaktır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışmada değerlendirmeye alınan hastalar 2014, 2015 ve 2016 yılları içinde Gelişim Tıp laboratuvarları’na solunum yolu materyalinden multipleks PCR ile patojen etken saptanması için başvuran, ya da örneği gönderilen hastaları kapsamaktadır. Hastalardan alınan solunum materyalinden, multipleks PCR ile 18 virüs ve 4 atipik pnömoni etkeni bakteri olmak üzere, 22 etken araştırılmıştır. Araştırılan virüsler,H1N1, Influenza A, Influenza B, RSV-A, RSV-B, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Coronavirus OC43, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Rhino/Enterovirus, Adenovirus, HMPV, Bocavirus Tip-1 şeklindedir. Atipik pnömoni bakterileri ise Chlamydophila pneumoniae ve Bordetella pertussis şeklindedir. Çalışmalarda, PathoFinder (Hollanda) firmasının CE onaylı RespiFinder 2 Smart Real-Time multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Çalışmalar, Rotorgene Real-Time PCR cihazında yapılmıştır.

BULGULAR: 2014 yılı Eylül- Aralık döneminde, Gelişim Tıp Laboratuvarları’na gönderilen örnekler içinde hiç H1N1 olgusu saptanmamıştır. 2015 Ocak ayında ise 3 (%3.9), Şubat’ta 5 (%9.8), Mart’ta 45 (%21.7), Nisan’da 13 (%10.3), Mayıs’ta 4 (%5.8) olgu görülmüştür. Haziran- Ağustos arasında H1N1 olgusu saptanmamıştır. 2015 Eylül’de 1, Ekim’de 1, Kasım’da 2, Aralık’ta ise artarak 12 (%7.7), 2016 Ocak’ta 48 (%15.5), Şubat’ta 19 (%12.8), Mart’ta 1 ve Nisan’da 3 (%5.6) vaka görülmüştür. 2016 Mayıs- Ağustos arasında hiç H1N1 vakası görülmemiştir.

SONUÇ: Domuz gribi (H1N1) olgularının, 2014-2015 kışına oranla, 2015-2016 kışında 2 ay daha erken ortaya çıktığı görülmektedir. 2015 yılında ilk olgular Ocak ayında ortaya çıkarak, Mart ayında 45 (%21.7) olgu ile pik yapmıştır. 2015-2016 kışında ise, ilk olgular 2015 Ekim-Kasım ayında başlamış, 2015 Aralık’ta 156 hasta içinde 12’ye (%7.7) yükselmiş, 2016 Ocak ayında 48 (%15.5) olgu ile pik yapmıştır. Sayı 2016 Şubat’ta 19’a (%12.8) gerilemiş, Mart’ta 1, Nisan’da 3 (%5.6) olgu görülmüş, 2016 Mayıs-Ağustos arasında H1N1 olgusu görülmemiştir.

2014- 2015 kışında H1N1 piki 2015 Mart ayında, 2015-2016 kışında ise 2016 Ocak ayında ortaya çıkmıştır. Bu durum, grip (influenza) aşısının uygulanma zamanını etkin tayin etme gerekliliğini ortaya koymaktadır. Erken aşılama, infeksiyon için önleyici olmayabilir. Optimal ve en kritik ayları kapsayacak aşılama zamanının belirlenmesi akılcı olacaktır.

 

GASTROİNTESTİNAL SİSTEM PATOJENLERİNİN MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI

AMAÇ: Çalışmanın amacı, laboratuvarlarımıza gönderilen gastrointestinal sistem infeksiyonu tanılı hasta örneklerinden, multipleks PCR yöntemiyle alınan sonuçların bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Gelişim Tıp Laboratuvarlarına, 2015 başından 2016’nın ilk 8 ayı sonuna kadar gönderilen 379 hasta örneği değerlendirmeye alınmıştır. Çeşitli sağlık kuruluşlarından dışkı örnekleri gönderilmiştir. Örnekler, PathoFinder (Hollanda) firmasının ürettiği Gastro-Finder Real-Time multipleks PCR kiti ile çalışılmıştır. Cihaz olarak, Rotorgene R-T PCR cihazı kullanılmıştır. Gelen örnekler aynı gün çalışmaya alınmış ve ertesi gün sonuç verilmiştir. Kit, 10 bakteri (Campylobacter jejuni, Campylobacter spp., Clostridium difficile Tox. A/B, E.coli 0157:H7, Salmonella spp., STEC, EPEC, ETEC, Shigella spp., Yersinia enterocolitica), 4 protozoon (E.histolitica, G.lamblia, Cryptosporidium spp. ve Dientamoeba fragilis) ile 5 virüsü (Adenovirus, Astrovirus, Rotavirus, Norovirus, Sapovirus) saptanmaktadır.

BULGULAR: 2015 başından 2016 Ağustos ayı sonuna kadar toplam 379 hasta örneği değerlendirmeye alınmıştır. 379 hastadan 158 (%41.7)’i negatif sonuç vermiştir. Pozitif sonuç alınan 221 (%58.3) hastada, en sık görülen etkenler sırasıyla 154 (%40) hastada Salmonella spp., 31 (%8.2) hastada Clostridium difficile toxin A/B, 23 (%6) hastada Norovirus tipleri, 19 (%5) hastada E.coli 0157:H7, 9 (%2.4) hastada Astrovirus, 9 (%2.4) hastada Giardia lamblia, 8 (%2.1) Aeromonas spp., 8 (%2.1) Rotavirus, 7 (%1.8) Dientamoeba fragilis, 5 (%1.3) Campylobacter spp., 4 (%1) E.coli 0157: H7, 4(%1) Shigella spp., 3 (%0.8) Campylobacter jejuni, 3 (%0.8) Yersinia enterocolitica, 2 (%0.5) Enterotoxigenic E.coli (ETEC), 2 (% 0.5) Clostridium spp., 1 (%0.25) hastada Adenovirus şeklindedir.

SONUÇ: Hastaların % 58.3 gibi yüksek bir oranında patojen etken saptanmasının başarılı olduğu görüşüne varılmıştır. 10 bakteri, 5 virus ve 4 protozoon olmak üzere, 19 civarında patojenin tek multipleks PCR çalışmasında saptanması da olumludur. Tanı güçlüğü olan bu etkenler de, 1 gün gibi kısa sürede sonuca ulaşılması başarılı bulunmuştur. Salmonella spp.’nin %40 oranda saptanması, tüm tipleri kapsadığı için anlaşılır bulunmuştur. Cl. difficile tox. A/B, Norovirus, STEC, Astrovirus, Giardia lamblia oranlarının bilinen klasik etkenlerden yüksek olması dikkat çekicidir ve tanıya yaklaşımın gözden geçirilmesini gerektirir nitelikte bulunmuştur.

 

YENİ BİR MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE KADINLARDA

CİNSEL YOLLA BULAŞAN ETKENLERİN DEĞERLENDİRİLMESİ

AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, laboratuvarlarımızda kısa süre önce uygulamaya konulan, Femoflor Cinsel Bulaş Tarama testi ile alınan sonuçların bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Laboratuvarlarımızda, son üç yıl içinde 4000 civarında hastada multipleks PCR yöntemiyle cinsel yolla bulaşan etkenler araştırılmıştır. Bu konuda çeşitli kit ve yöntemler denenmiş olup, son olarak dünyada benzerlerine göre daha bilgi verici alternatif durumunda olan, DNA Technology firmasının ürettiği Femoflor Cinsel Bulaş Tarama (Femoflor Screen) testlerinde karar kılınmıştır. Testler, Real-Time multipleks PCR yöntemiyle çalışılmış ve firmanın kendi kitlerine spesifik olarak ürettiği kapalı sistem DT Lite Real-Time PCR cihazında değerlendirilmiştir. Cihaz, ileri bir otomatize değerlendirme programını da barındırmaktadır. Etkenlerin kantitatif ölçümü yapılmaktadır. Kadınlarda serviko-vaginal sürüntü materyali ile idrar, erkeklerde üretral akıntı/sürüntü materyali ile idrar birlikte alınarak çalışılmıştır. Çalışma ve program toplam DNA yükünü (Toplam Mikrobiyal Yük= TMY), laktobasil miktarını, potansiyel patojenler olan Gardnerella vaginalis ile bazı anaerobların, kandida, ureoplasma ve Mycoplasma hominis’in miktarlarını kantitatif olarak ölçmektedir. Ayrıca, bunların TMY’e olan oranlarını da vermektedir. Patojenlerden ise M.genitalium, Trichomonas vaginalis, N.gonorrhoeae, C.trachomatis, HSV-2, HSV-1 ve CMV’nin de var olup olmadığını belirlemektedir. Ayrıca, floranın normal, ya da orta veya ileri derecede bozulmuş olup olmadığını da bildirmektedir.

BULGULAR: Son 2 ay içinde, 61’i kadın ve 152’si erkek olmak üzere, toplam 213 hasta örneğinden Femoflor Cinsel Bulaş Tarama Testi yapılmıştır. 61 kadın hastadan 12 (%19.7)’sinde patojenler saptanmıştır. Bunlar 3 hastada (%5) M.genitalium, 2 (%3.3) T.vaginalis, 3 (%5) C.trachomatis, 2 (%3.3) HSV-2, 2( %3.3) CMV şeklindedir. Potansiyel patojenlerden Gardnerella vaginalis 38 (% 62.3) hastada pozitif, 18 (% 29.5) hastada 104 üzerindedir. Candida 16 (%26) hastada pozitif, 13 (%21.3) hastada 104 üzerinde, Ureoplazma 29 (%47.5) hastada pozitif, 19 (%31) hastada 104 üzerinde, M.hominis 11 (%18) hastada pozitif, 7 (%11.5) hastada 104 üzerindedir. Laktobasil 61 hastadan 53 (%87)’ünde pozitif olup, 11 hastada Toplam Mikrobiyal Yük’ün %20’sinin altında (İleri düzeyde bozulmuş flora), 13 (%21.3) olguda %20-80 arasında (Orta düzeyde bozulmuş flora), 29 ( %47.5) olguda ise %80-100 (Normal flora) düzeyindedir.

SONUÇ: Verilerin analizinden de görüleceği üzere, kadınlarda Femoflor Cinsel Bulaş Tarama Testi, şu anda tanıda kullanılan alternatifler içinde Toplam Mikrobiyal Yük’ü belirlemesi, normal ve bozulmuş flora değerlendirmesi yapabilmesi, potansiyel patojenlerin miktarını belirleyerek hekime tedavi kararında kolaylık sağlanması, 14 civarında etken ve parametre hakkında bilgi sunması özellikleriyle, benzerlerinden belirgin olarak daha bilgi verici ve etkin bir sistem olarak değerlendirilmiştir.

 

ERKEKLERDE CİNSEL YOLLA BULAŞAN ETKENLERİN YENİ BİR

MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE DEĞERLENDİRİLMESİ

AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, laboratuvarlarımızda kısa süre önce uygulamaya konulan, Femoflor Cinsel Bulaş Tarama testi ile alınan sonuçların bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.

GEREÇ VE YÖNTEM: Laboratuvarlarımızda, son üç yıl içinde 4000 civarında hastada multipleks PCR yöntemiyle cinsel yolla bulaşan etkenler araştırılmıştır. Bu konuda çeşitli kit ve yöntemler denenmiş olup, son olarak dünyada benzerlerine göre daha bilgi verici alternatif durumunda olan, DNA Technology firmasının ürettiği Femoflor Cinsel Bulaş Tarama (Femoflor Screen) testlerinde karar kılınmıştır. Testler, Real-Time multipleks PCR yöntemiyle çalışılmış ve firmanın kendi kitlerine spesifik olarak ürettiği kapalı sistem DT Lite Real-Time PCR cihazında değerlendirilmiştir. Cihaz, ileri bir otomatize değerlendirme programını da barındırmaktadır. Etkenlerin kantitatif ölçümü yapılmaktadır. Kadınlarda serviko-vaginal sürüntü materyali ile idrar, erkeklerde üretral akıntı/sürüntü materyali ile idrar birlikte alınarak çalışılmıştır. Çalışma ve program toplam DNA yükünü (Toplam Mikrobiyal Yük= TMY), laktobasil miktarını, potansiyel patojenler olan Gardnerella vaginalis ile bazı anaerobların, kandida, ureoplasma ve Mycoplasma hominis’in miktarlarını kantitatif olarak ölçmektedir. Ayrıca, bunların TMY’e olan oranlarını da vermektedir. Patojenlerden ise M.genitalium, Trichomonas vaginalis, N.gonorrhoeae, C.trachomatis, HSV-2, HSV-1 ve CMV’nin de var olup olmadığını belirlemektedir.

BULGULAR: 2016’nın Temmuz ayından itibaren yaklaşık 2 ayda 152’si erkek ve 61’i kadın olmak üzere, toplam 213 hasta örneğinde Femoflor Cinsel Bulaş Tarama Testi yapılmıştır. 152 erkek hastadan 32 (%21)’sinde patojen etkenler saptanmıştır. Bunlar 12 (%7.9) hastada C.trachomatis, 4 (%2.6) hastada CMV, 3 (%2) hastada T.vaginalis, 3 (%2) hastada HSV-1, 2 (%1.3) hastada N.gonorrhoeae şeklindedir. Potansiyel patojenlerden Gardnerella vaginalis 66 (%43.6) hastada pozitif ve 40 (%26.3) olguda 104 üzerinde, Candida 36 (%23.7) hastada pozitif ve 32 (%21) hastada 104 üzerinde, Ureaplasma 48 (%31.6) hastada pozitif ve 35 (%23) hastada 104 üzerinde, M.hominis 18 (%11.8) hastada pozitif ve 14 (%9.2) hastada 104 üzerinde bulunmuştur. 33 (%21.7) olguda laktobasil de saptanmıştır.

SONUÇ: Femoflor Cinsel Bulaş Tarama Testinin avantajı, patojen etkenler olan M.genitalium, T. Vaginalis, N. Gonorrhoeae, C. trachomatis, HSV-2, HSV-1, CMV’nin saptanması yanında, potansiyel patojenler olan Gardnerella vaginalis, Candida spp., Ureaplasma (urealyticum+parvum), M.hominis etkenlerinin de kantitatif olarak saptanmasıdır. Bu durum, tedavi kararı için hekime büyük destek sağlamaktadır. 104 üzerindeki miktarlar tedavi kararı yönünden olumlu sayılabilir. Ya da kliniğe göre hareket edilecektir. Bu özellikleriyle Femoflor Cinsel Bulaş Tarama testinin, erkekler için de oldukça yararlı, bilgi verici ve etkin bir test olduğu sonucuna varılmıştır.

 

1037 hasta örneğinde Real Time PCR ile HPV genotip dağılımının değerlendirilmesi

AMAÇ; Bu çalışmada, laboratuvarımıza HPV ile infekte olduğundan şüphelenilen hastalardan gönderilen örneklerde, HPV pozitifliğini saptamak ve genotip dağılımını ortaya koymak hedeflenmiştir. HPV genotip dağılımının saptanmasıyla, 1037 örnek ile Türkiye’ deki epidemiyolojik verilere katkıda bulunmak amaçlanmıştır.

GEREÇ VE YÖNTEM; Laboratuvarımıza 2015 Şubat ile 2016 Şubat ayları arasında çeşitli tıp merkezleri ve hastanelerden gönderilen 1037 hastanın sürüntü örneği değerlendirmeye alınmıştır. 
Örnekler, PathoFinder (Hollanda) firmasına ait multipleks PCR kiti ve Qiagen Rotorgene 6000 Real Time PCR cihazı kullanılarak değerlendirilmiştir.
Bu kit, yüksek risk olarak bilinen 10 tipi (Tip16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 52, 56, 58) tek tek çalışmakta ve belirlenmektedir. Ayrıca, yine yüksek risk grubunda yer alan tip 51, 59, 66, 68’ i “yüksek risk havuzu” ve tip 6, 11, 40, 42, 43, 44’ ü de “düşük risk havuzu” olarak belirlemektedir. 

BULGULAR; Örneklerin 482 (%46,5)’ si erkek, 555 (%53,5)’ i kadınlara aittir.
Gönderilen 1037 hastanın 298 (%28,7)’ inde HPV pozitifliği, 739 (%71,3)’ unda ise HPV negatifliği saptanmıştır. HPV pozitifliği olan 298 hastada 347 etken saptanmıştır. 49 hastada iki farklı HPV tipi aynı anda pozitif bulunmuştur. 
Saptanan 347 etkenin 318 (% 88,5)’ inde yüksek riskli, 29 (%11,5) ‘ inde düşük riskli kanserojen HPV tipi saptanmıştır.
En sık saptanan HPV tipleri şu şekildedir. 57 adet Tip 16 (%16,4), 45 adet tip tip 56 (%12,9), 41 adet tip 18 (% 11,8), 29 adet düşük risk havuzu (%11,6), 25 adet tip 35 (%7,2), 31 adet tip 45 (% 8,3) saptanmıştır. Daha az saptanan tipler 39, 58, 33, 51, 31, 59 ve yüksek risk havuzu olmuştur.
Saptanan etkenlerin 29 (%11,5)’u serviks kanseri için düşük risk kanserojen etkenlerden biri olurken, 318 (%88,5)’ i yüksek riskli kanserojen etkenlerden biri olarak saptanmıştır.

SONUÇ: %28,7 pozitiflik oranı, ülkemizde yapılan HPV tarama çalışmalarına göre daha yüksek oranda gözükmektedir. Bunun nedeni, merkezimize gönderilen örneklerin HPV yönünden şüpheli örnekler olması olarak değerlendirilmiştir. 
Dünyanın çoğu bölgesinde, en sık rastlanan tipler HPV Tip 16 ve 18 olarak bildirilmektedir.